食品经营许可证在申请人所在地县级以上地方食品药品监督管理部门办理。
《食品经营许可管理办法》中规定：
第十二条 申请食品经营许可，应当向申请人所在地县级以上地方食品药品监督管理部门提交下列材料：
（一）食品经营许可申请书；
（二）营业执照或者其他主体资格证明文件复印件；
（三）与食品经营相适应的主要设备设施布局、操作流程等文件；
（四）食品安全自查、从业人员健康管理、进货查验记录、食品安全事故处置等保证食品安全的规章制度。
利用自动售货设备从事食品销售的，申请人还应当提交自动售货设备的产品合格证明、具体放置地点，经营者名称、住所、联系方式、食品经营许可证的公示方法等材料。
申请人委托他人办理食品经营许可申请的，代理人应当提交授权委托书以及代理人的身份证明文件。
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《食品经营许可管理办法》中规定：
第十四条 县级以上地方食品药品监督管理部门对申请人提出的食品经营许可申请，应当根据下列情况分别作出处理：
（一）申请事项依法不需要取得食品经营许可的，应当即时告知申请人不受理。
（二）申请事项依法不属于食品药品监督管理部门职权范围的，应当即时作出不予受理的决定，并告知申请人向有关行政机关申请。
（三）申请材料存在可以当场更正的错误的，应当允许申请人当场更正，由申请人在更正处签名或者盖章，注明更正日期。
（四）申请材料不齐全或者不符合法定形式的，应当当场或者在5个工作日内一次告知申请人需要补正的全部内容。当场告知的，应当将申请材料退回申请人；在5个工作日内告知的，应当收取申请材料并出具收到申请材料的凭据。逾期不告知的，自收到申请材料之日起即为受理。
（五）申请材料齐全、符合法定形式，或者申请人按照要求提交全部补正材料的，应当受理食品经营许可申请。
参考资料来源：驻马店市食品药品监督管理局-食品经营许可管理办法
在当地食品药品监督管理部门办。
第九条 申请食品经营许可，应当先行取得营业执照等合法主体资格。
企业法人、合伙企业、个人独资企业、个体工商户等，以营业执照载明的主体作为申请人。
机关、事业单位、社会团体、民办非企业单位、企业等申办单位食堂，以机关或者事业单位法人登记证、社会团体登记证或者营业执照等载明的主体作为申请人。
第十条 申请食品经营许可，应当按照食品经营主体业态和经营项目分类提出。
食品经营主体业态分为食品销售经营者、餐饮服务经营者、单位食堂。食品经营者申请通过网络经营、建立中央厨房或者从事集体用餐配送的，应当在主体业态后以括号标注。
食品经营项目分为预包装食品销售（含冷藏冷冻食品、不含冷藏冷冻食品）、散装食品销售（含冷藏冷冻食品、不含冷藏冷冻食品）、特殊食品销售（保健食品、特殊医学用途配方食品、婴幼儿配方乳粉、其他婴幼儿配方食品）、其他类食品销售；热食类食品制售、冷食类食品制售、生食类食品制售、糕点类食品制售、自制饮品制售、其他类食品制售等。
列入其他类食品销售和其他类食品制售的具体品种应当报国家食品药品监督管理总局批准后执行，并明确标注。具有热、冷、生、固态、液态等多种情形,难以明确归类的食品，可以按照食品安全风险等级最高的情形进行归类。
国家食品药品监督管理总局可以根据监督管理工作需要对食品经营项目类别进行调整。
第十一条 申请食品经营许可，应当符合下列条件：
（一）具有与经营的食品品种、数量相适应的食品原料处理和食品加工、销售、贮存等场所，保持该场所环境整洁，并与有毒、有害场所以及其他污染源保持规定的距离；
（二）具有与经营的食品品种、数量相适应的经营设备或者设施，有相应的消毒、更衣、盥洗、采光、照明、通风、防腐、防尘、防蝇、防鼠、防虫、洗涤以及处理废水、存放垃圾和废弃物的设备或者设施；
（三）有专职或者兼职的食品安全管理人员和保证食品安全的规章制度；
（四）具有合理的设备布局和工艺流程，防止待加工食品与直接入口食品、原料与成品交叉污染，避免食品接触有毒物、不洁物；
（五）法律、法规规定的其他条件。
第十二条 申请食品经营许可，应当向申请人所在地县级以上地方食品药品监督管理部门提交下列材料：
（一）食品经营许可申请书；
（二）营业执照或者其他主体资格证明文件复印件；
（三）与食品经营相适应的主要设备设施布局、操作流程等文件；
（四）食品安全自查、从业人员健康管理、进货查验记录、食品安全事故处置等保证食品安全的规章制度。
利用自动售货设备从事食品销售的，申请人还应当提交自动售货设备的产品合格证明、具体放置地点，经营者名称、住所、联系方式、食品经营许可证的公示方法等材料。
申请人委托他人办理食品经营许可申请的，代理人应当提交授权委托书以及代理人的身份证明文件。
第十三条 申请人应当如实向食品药品监督管理部门提交有关材料和反映真实情况，对申请材料的真实性负责，并在申请书等材料上签名或者盖章。
食品流通许可证办理单位：由当地的食品药品监督管理部门进行审批和办理。 从2014年3月1日开始，食品流通许可证不再由工商部门负责发放，而由当地的食品药品监督管理部门审批和管理。 办理程序：
1、从业人员要到当地的卫生防疫部门抽血化验办理个人健康证，7天左右，费用100元左右，如果是小型的超市商店，负责人办一个就可以了，如果是大型的最好主要的骨干都要办理。
2、确定一个固定的经营场所，和房东签订租房协议（自有住房提供房产证），留下房产证的复印件。
3、经营者本人持身份证到当地工商部门审核一个名称，工商部门审核通过后，出具名称预先核准通知书 经营者持身份证复印件、名称预先核准通知书到当地食品药品监督管理部门申请食品流通许可证，食品药品监督管理部门除了上面三项外还会要求提供下面思四项材料： 负责人及食品安全管理人员的身份证复印件（负责人及食品安全管理人员最好都是经营者本人，大型企业可以分开设置。 与食品经营相适应的经营设备、工具清单。 与食品经营相适应的经营设施空间布局图。 卫生间平面分布图，一般含有消毒池一个，清洗池两个，消毒柜一个。 食品经营者承诺书、食品安全管理制度（这二项内容可由食品药品监督管理部门提供，经营者复制后打印出来就行）
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依据《中华人民共和国食品安全法》第三十三条的规定，申请领取食品流通许可证条件主要包括四个方面：一是具有与经营的食品品种、数量相适应的食品原料处理和食品加工、包装、贮存等场所，保持该场所环境整洁，并与有毒、有害场所以及其他污染源保持规定的距离；二是具有与生产经营的食品品种、数量相适应的生产经营设备或者设施，有相应的消毒、更衣、盥洗、采光、照明、通风、防腐、防尘、防蝇、防鼠、防虫、洗涤以及处理废水、存放垃圾和废弃物的设备或者设施；三是有食品安全专业技术人员、管理人员和保证食品安全的规章制度；四是具有合理的设备布局和工艺流程，防止待加工食品与直接入口食品、原料与成品交叉污染，避免食品接触有毒物、不洁物。
食品安全许可证办理具体流程
一、办理食品经营许可证条件
1.具有与经营的食品品种、数量相适应的食品原料处理和食品加工、包装、贮存等场所，保持该场所环境整洁，并与有毒、有害场所以及其他污染源保持规定的距离；
2.具有与经营的食品品种、数量相适应的设备或者设施，有相应的消毒、更衣、盥洗、采光、照明、通风、防腐、防尘、防蝇、防鼠、防虫、洗涤以及处理废水、存放垃圾和废弃物的设备或者设施；
3.有食品安全专业技术人员、管理人员和保证食品安全的规章制度；
4.具有合理的设备布局和工艺流程，防止待加工食品与直接入口食品、原料与成品交叉污染，避免食品接触有毒物、不洁物；
5.法律、法规规定的其他条件。
二、办理食品经营许可证材料
1.《食品经营许可申请书》；
2.《名称预先核准通知书》或营业执照复印件；
3.与食品经营相适应的经营场所使用证明以及经营场所的具体方位图，自建房产的，提供产权证明，租赁的，提交租赁合同及产权证明或经营场所使用证明多家企业使用同一门牌号的经营场所的，申请人还应当提交以建筑物为平面图的地址分割方位图示；
4.负责人的身份证明复印件3份；
5.委托书以及委托代理人或指定代表的身份证明复印件2份；
6.专职或者兼职食品安全管理人员的身份证明复印件1份（食品安全管理人员非负责人的，另需提供雇工合同复印件1份）；
7.食品安全管理制度1份，包括员工食品安全知识培训制度、食品进货查验制度、食品进货查验记录制度、从业人员健康检查制度和健康档案制度、食品退市制度、食品检查、存贮、运输制度等，从事食品批发的企业还应当有食品批发销售记录制度；
8.专职或者兼职食品安全管理人员的健康证复印件（企业提交2人，个体提交1人）。有食品安全技术人员的，还需提供技术人员身份证明；
9.与食品经营活动相适应的食品经营设备、工具清单和经营设施空间平面布局图和操作流程的文件，食品经营设备和工具包括紫外灯、更衣设备、盥洗设备、采光、照明、通风、防腐、防尘、防蝇、防鼠、防虫、洗涤以及处理废水、存放垃圾和废气物的设备和工具。贮存、运输和装卸设备。通过电话、网络销售食品的，应当注明电话销售网络和网址。空间平面布局图标明用途、面积、设备设施位置等；对于经营散装食品的，空间平面布局图应体现出单独的销售区域；
10.工商部门要求提交的其他材料。
三、食品经营许可证受理审核时限
许可机关应当自受理之日起20个工作日内作出是否准予行政许可的决定。作出准予经营许可决定的，应自作出决定之日起10个工作日内向申请人颁发食品经营许可证。
食品经营许可申请程序
1.大厅咨询或网上申请后填写《食品经营许可申请表》及提交相关材料；
2.递交相关文书材料，材料齐全后，领取《材料接收凭证》或《受理通知书》后等待许可核准结果，需要现场核查的配合食品药品监管部门现场核查。
3.领取《食品经营许可证》。
四、办理食品经营许可证注意事项
1.申请人应当向具有许可管辖权的许可机关申请食品经营许可。
2.申请食品经营许可，应当先行取得营业执照等合法主体资格证明。
3.已经取得的《食品流通许可证》、《餐饮服务许可证》、《食品卫生许可证》（保健食品销售）在有效期内继续有效，期间需要变更或到期延续的按相关规定办理。
4.申请食品流通许可证所提交的材料，应当真实、有效、符合法定形式。申请人应当对其提交材料的真实性负责。如有隐瞒，由县级以上地方食品药品监督管理部门给予警告。该食品经营者在1年内不得再次申请食品经营许可。
5.对于食品流通经营者在2009年6月1日前已经取得《食品卫生许可证》的，原许可证在有效期内继续有效，自愿申请换证、原许可证载明事项发生变化或者有效期届满，食品经营者应当按照《食品流通许可证管理办法》的规定提出申请，经审核机关审核后，领取食品流通许可证。
6.食品经营许可证发证日期为许可决定作出的日期，有效期为5年。
7.食品经营许可证应当载明：经营者名称、社会信用代码（个体经营者为身份证号码）、法定代表人（负责人）、住所、经营场所、主体业态、经营项目、许可证编号、有效期、日常监督管理机构、日常监督管理人员、投诉举报电话、发证机关、签发人、发证日期和二维码。
在经营场所外设置仓库（包括自有和租赁）的，还应当在副本中载明仓库具体地址。
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